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黑客帝国里锡安的人为什么要反抗
剧情漏看了吧，当时出动了两艘船去搜索墨菲斯的船，一共有三艘流落在外，其馀，基地里的所有船，都被史密斯同化的那个家伙破坏了，锡安内并没有可以释放电磁波的船。
又因为这东西敌我无差别攻击，在基地内使用就会使所有的机器失灵，包括空气处理装置等，所以基地内部并没有电磁波发射装置。
综上所诉，锡安抵抗乌贼进攻的时候，压根就没有电磁波可放。
《黑客帝国》中的“锡安”为什么进行轮回？
以下是自己的思考，没有楼上那么复杂。
救世主，也就是尼欧，是因为机器帝国创造母体时不得不产生的一个超级用户（或者说是编写错误），机器帝国旗下的母体没有办法删除以及阻止救世主的产生，于是母体内的造物者和先知做了一个决定。
先知引导救世主，然后当机器帝国尝试了多种黑客方法后（例如第一集入侵船长脑袋获取密码等等），终于使用了“暴力破解方式（DDoS）”进攻锡安。然后在锡安必毁，人类必定灭亡的情况下，由造物者和救世主做一个交易。机器帝国毁灭锡安，但是救世主可以选几个男女重建锡安，保证人类种子不会毁灭，而救世主返回源代码，母体重启。
这样既保证了救世主不会因为超级用户的权利过大而影响机器帝国，毕竟母体的存在只是为了“麦田”能够正常运转，机器帝国可以继续和平地控制“麦田”。一直以来机器帝国以及母体的造物者都满足于这种轮回方式。
直到了尼欧这一代，先知与造物者产生分歧，先知不想再进行这样的轮回，于是引导了尼欧进行不同于以往的责任。并且以自身作为赌注，让失控的斯密斯吸收自己，导致斯密斯成长为连机器帝国也控制不了，甚至能够对机器帝国产生威胁的超级AI程序，最终导致机器帝国不得不与尼欧妥协：尼欧让斯密斯入侵，从而让机器帝国知道斯密斯的代码而可以删除斯密斯，而机器帝国则要放过锡安。
从此机器帝国和锡安进入一段不同以往的关系。
关于尼欧的后期的超能力，我是这样理解的。
尼欧作为母体内产生的超级用户，拥有控制母体参数的能力。其他人例如墨菲斯等人，只能通过一定的黑客能力对母体进行一定修改，力气更大，速度更快，神经反射更快等等。但是尼欧可以直接更改母体参数，例如重力参数，冲撞参数等等，产生母体运行后类似超人的效果。
而到后期，尼欧成长为可以通过脑电波控制“乌贼”死机，权限已经由母体内转到真实世界的机器帝国。瞎了以后，他确实是看不到东西的，但是可以感应到和程序有关的代码。
《黑客帝国》有点故意将剧情设置成一种玄之又玄的关系，可能每个人都有不同的理解并且奉为真理，其实只要自己觉得剧情说得通就好了，没必要太过认真计较。不可否认这是一部好电影，因为它引起了人们的对剧情的争论。
黑客帝国造物主为什么要反复重建锡安
这个世界崩溃过很多次，锡安被毁灭过很多次，而尼奥是触发点，尼奥再锡安的世界也能使用超能力，说明这个世界也只是程序而已，包括他的眼睛瞎了后，依然能看到代码。机器需要自主进化升级，它不具备这个能力，人类具备，所以它要学习。
整个系列最重要的解释故事背景的片段，在第二部结尾，Neo进入Matrix世界的后台，见到了白胡子装逼西装程序员，他是Matrix世界的创造者，也就是人类思想的底层建造师，自称——造物主。在这里Neo得知了原来自己还有5个前辈，也就是之前的5次世界观迭代，他就是第6个救世主。
Neo之所以在这里，是因为整个人类系统存在不稳定的缺陷，每隔一段时间就会有人试图脱离Matrix，从而建立新的思想，而Neo身上有一段特殊的代码，通过自身的觉醒，再融入到Matrix世界，就能更新整个人类认知系统，达成新的平衡。